Природні вогнища КВЕ розташовані по всій лісовій та лісостеповій помірній кліматичній зоні Євразійського континенту. Місцеві випадки хвороби реєструються в країнах західної, центральної, східної та частково північної Європи, а саме в Австрії, Республіці Білорусь, на Британських островах, Боснії, Угорщині, Молдові, Бельгії, Польщі, Німеччині (південна та центральна частини – Баварія, Баден-Вюртемберг, Гессен, Тюрінгія), Данії (острів Борнхольм), Італії (північно-східна частина та центр), Казахстані, Монголії, Північному Китаї, Литовській Республіці, Латвійській Республіці, Норвегії (південна частина), Ісландії, Ірландії, Сербії, Словацькій Республіці, Україні, Фінляндії, Франції (східна частина - Ельзас), Хорватії, Чехії, Швейцарії, Швеції (південна частина), Естонії, Японія (о. Хокайдо), європейській та далекосхідній частині Російської Федерації.

         Ендемічними з КВЕ територіями України є:

- Волинська область: Ратнівський, Ківерцівський, Камінь-Каширський, Ковельський, Маневицький,   Луцький райони.

- Львівська область: Яворівський район.

- Автономна Республіка Крим: Алуштинський, Білогірський, Бахчисарайський, Кіровський,  Красногвардійський, Сімферопольський, Судакський райони, Велика Ялта (Ялта, Ялтинський   заповідник, Алушта, Гурзуф); лісопаркова зона м. Сімферополя; м. Севастополь.

         Особам, які планують виїзд до ендемічних з КВЕ територій, рекомендується проводити профілактичні щеплення проти КВЕ. Щеплення проводяться при відсутності протипоказань відповідно до інструкції на конкретний імунобіологічний препарат. Щеплення проводяться за власні кошти громадян.

        В м. Києві щеплення проти КВЕ проводяться в кабінетах щеплень Олександрівської клінічної лікарні (тел. 287-37-91), ТОВ «Борис» (тел. 238-00-00), Київської міської студентської поліклініки (тел. 236-11-61), ТОВ «Фірма Медіком» (тел. 503-77-77). Щеплення проводяться при відсутності протипоказань за власні кошти громадян. 

     Базовими установами з госпіталізації хворих на кліщовий вірусний енцефаліт визначено Київську міську клінічну лікарню № 4 (дорослі) та КМДКІЛ (діти).